Liên minh Kinh tế Bỉ-Luxembourg ký ngày 25 tháng 7 năm 1921 có thể được coi là bước đầu của Liên minh Thuế quan Benelux sau này.

Trong thời kỳ thế chiến thứ hai, các chính phủ lưu vong của 3 nước Bỉ, Hà Lan và Luxembourg đã ký một hiệp ước thành lập Liên minh thuế quan Benelux tại London ngày 5 tháng 9 năm 1944, nhằm bãi bỏ thuế quan ở biên giới chung giữa 3 nước và ấn định một mức thuế chung cho hàng hóa từ các nước ngoài nhập vào Liên minh. Chính sách tự do mậu dịch này xuất phát từ thất bại của các chính sách bảo hộ mậu dịch trong thập niên 1930, tiếp theo cuộc khủng hoảng kinh tế toàn cầu năm 1929. Tuy nhiên hiệp ước này chỉ được áp dụng từ ngày 1 tháng 1 năm 1948.

Ba nước thành viên của Liên minh này cũng là các nước sáng lập ra Liên minh Tây Âu ngày 17 tháng 3 năm 1948, Tổ chức hợp tác kinh tế châu Âu (OEEC) ngày 16 tháng 4 năm 1948, Tổ chức Minh ước Bắc Đại Tây Dương (NATO) năm 1949, Cộng đồng Than Thép châu Âu (ECSC) ngày 18 tháng 4 năm 1951, Cộng đồng kinh tế châu Âu (EEC, tức Cộng đồng châu Âu (EC) sau này) ngày 25 tháng 3 năm 1957.

Hiệp ước thành lập Liên minh kinh tế Benelux được ký ngày 3 tháng 2 năm 1958 tại La Hay (Hà Lan), thúc đẩy việc di chuyển tự do các người lao động, vốn liếng, dịch vụ, hàng hóa trong Liên minh.